Diagnostica
la diagnosi di laboratorio svolge un ruolo importante nella gestione della malattia e dell’epidemia. Una diagnosi di laboratorio rapida e accurata di una specifica infezione virale di interesse contribuisce a sollecitare misure di sorveglianza, prevenzione e controllo della salute pubblica.
Grazie all’ampia accessibilità e disponibilità di un’accurata diagnosi di laboratorio per la diagnosi precoce, la trasmissione locale e i cluster possono essere prevenuti o almeno ritardati isolando i casi confermati dal laboratorio in una struttura sanitaria e mettendo in quarantena e monitorati i loro contatti stretti casa.
Inoltre, ciò facilita l’attuazione di specifici interventi di sanità pubblica come la chiusura di specifiche strutture ad alto rischio e aree associate ai casi confermati in laboratorio per il controllo tempestivo delle infezioni e la decontaminazione ambientale.1,2
Diagnostica corrente
L’Appendice A è un riepilogo degli ultimi protocolli diagnostici di laboratorio non commerciali elencati nella pagina web COVID-19 dell’OMS, diagnostica commerciale, non commerciale disponibile o imminente e un riepilogo degli approcci per la diagnostica di laboratorio dei coronavirus di Zhang et al (2020 , 3 nonché i geni target e i tipi di campioni di campioni testati con la reazione a catena della polimerasi (PCR) come riportato nelle pubblicazioni sui casi clinici di COVID-19. I dati diagnostici che possono essere utilizzati per i test point-of-care sono stati riportati nella Tabella 2 nella prima colonna.
Rilevazione di materiale genetico virale
Le autorità sanitarie cinesi hanno pubblicato il genoma completo di SARS-CoV-2 in GenBank e nel portale GISAID. 1 Diversi test di laboratorio sono stati sviluppati per rilevare SARS-CoV-2, come evidenziato nella guida dell’OMS ai test di laboratorio COVID-19 sui casi sospetti. L’OMS ha pubblicato per la prima volta cinque protocolli per la diagnostica utilizzando la reazione a catena della polimerasi della trascrittasi inversa (RT-PCR) sulla loro pagina web COVID-19. Questi includevano protocolli del Charité Institute of Virology in Germania e dell’Università di Hong Kong (HKU), oltre a quelli provenienti da Thailandia, Giappone e Cina. Un sesto protocollo dei Centri statunitensi per il controllo e la prevenzione delle malattie (CDC) è stato successivamente aggiunto alla pagina web dell’OMS il 29 gennaio 2020.4 Da allora la pagina web dell’OMS è stata aggiornata con un URL diverso e con documenti guida aggiuntivi.5 Settimo protocollo dell’Institut Pasteur di Parigi , Francia, è stato aggiunto sulla pagina web dell’OMS nel marzo 2020.
Va notato che i protocolli per la diagnostica mediante RT-PCR pubblicati sulla pagina web dell’OMS sono indicativi e non esaustivi. Varie istituzioni e governi hanno scelto di sviluppare i propri protocolli che potrebbero non essere pubblicamente disponibili o pubblicati dall’OMS sulla loro pagina web.
Come delineato nel sesto piano nazionale di trattamento e diagnosi pubblicato dalla Commissione sanitaria nazionale cinese, la diagnosi di COVID-19 richiede ancora il rilevamento del materiale genetico di SARS-CoV-2 prima di essere classificata come caso confermato. 7
Il primo test diagnostico convalidato è stato progettato dal gruppo del Prof Christian Drosten del Charité Institute of Virology di Berlino, Germania.1,8 Il disegno iniziale del test RT-PCR era basato sul SARS-CoV o coronavirus correlato alla SARS, ma con al rilascio della sequenza, i saggi sono stati selezionati in base alla corrispondenza con il virus Wuhan. Sono stati utilizzati due test per il gene RdRP e il gene E, dove il test del gene E funge da strumento di screening di prima linea e il test del gene RdRp come test di conferma. Tutti i test erano altamente sensibili e specifici e non 2 hanno reagito in modo crociato con altri coronavirus e anche con campioni clinici umani contenenti virus respiratori.
HKU utilizza due test monoplex reattivi con il coronavirus nel sottogenere Sarbecovirus che consistono in SARS-CoV-2, SARS-CoV e coronavirus simile alla SARS.9,10 L’RNA virale estratto da SARS-CoV potrebbe essere utilizzato come positivo controllo. Il gene N RT-PCR potrebbe essere utilizzato come test di screening e il test Orf1b come test di conferma. Tuttavia, questo protocollo è stato valutato solo con un pannello di controlli e solo controllo positivo, SARS-CoV RNA. Il controllo positivo dell’oligonucleotide sintetico o SARS-CoV-2 deve ancora essere testato. Da allora questo protocollo è stato pubblicato su Clinical Chemistry il 31 gennaio 2020.
10 Il CDC statunitense ha condiviso il protocollo per il test rRT-PCR con i primer e le sonde progettati per il rilevamento universale del coronavirus simile alla SARS e il rilevamento specifico del SARS-CoV2.11,12 Tuttavia, il protocollo non ha