Diagnosi molecolare rapida per SARS-CoV-2
Giorgia Difeo – Biologa – SIMITECNO srl – Divisione Sanità
In un tale momento di crisi mondiale, è essenziale che i saggi diagnostici disponibili siano il più affidabili e accurati possibile, allo scopo di fornire un’assistenza medica adeguata e per prevenire la diffusione del SARS-CoV-2.
Grazie ad una nuova peculiarità, il sistema di Real-Time PCR Shineway SWM-02, rapido e performante, garantisce una maggior accuratezza della diagnosi rispetto al modello precedente. Pur avendo riscontrato un grande successo come sistema di Real-Time PCR “Point of Care” per la diagnosi del SARS-CoV-2, il sistema Shineway SWM-01 consentiva l’identificazione di un solo target, ovvero il gene virale N.
Il nuovo sistema SWM-02, invece, presenta tre canali di fluorescenza (FAM, HEX e Cy5) che consentono il rilevamento di target genici multipli, tra cui anche un controllo endogeno, un gene espresso costitutivamente in tutti i campioni analizzati che permette di verificare che la raccolta del campione sia stata eseguita correttamente e che la reazione di amplificazione abbia avuto luogo con successo.
TEST REPORT
MATERIALI E METODI:
Tre tamponi oro-rinofaringei sono stati processati per l’estrazione degli acidi nucleici con l’estrattore Nucleic Acid Puficication System Nuetraction 32 della Bigfish Biotech utilizzando il kit di estrazione “Magpure virus DNA/RNA purification kit (fast) – BFMP08RF” della Bigfish Biotech, basato sulla tecnologia delle biglie magnetiche.
L’amplificazione Real-Time RT PCR degli estratti è stata poi eseguita utilizzando il sistema Shineway SWM-02 della Zhuhai Shineway Biotech ed il kit “SARS-CoV-2 Nucleic Acid Detection Kit (Fluorescence RT-PCR)” della Hangzhou Bioer Technology. Questo kit permette l’identificazione di due target virali specifici per il SARS-CoV-2 (ORF1ab e N) e di un gene umano usato come controllo endogeno (beta-globina) che dovrà risultare sempre positivo.
RISULTATI:
Nella tabella e nell’immagine sono riportati i risultati dell’amplificazione.
Per ogni campione (3,4 e 5), e per ciascun gene rilevato dal kit, nella tabella sono riportati i valori Ct e il risultato del test (negativo in verde, positivo in rosso e incerto in grigio):
- Il campione 3 risulta negativo per entrambi i geni virali
- Il campione 5 risulta positivo per entrambi i geni virali
- Il campione 4 risulta negativo per il gene ORF1ab (canale FAM), ma ha un risultato incerto per quanto riguarda il gene N (canale HEX)
CONCLUSIONE:
È proprio per le situazioni incerte come quella che si è presentata con il campione 4 che il nuovo sistema Shineway SWM-02 risulta ancora più performante. Con un sistema in grado di identificare un singolo target, la presenza di un secondo gene virale, anche se con un valore di Ct corrispondente ad un risultato dubbio, non sarebbe stata rilevata.
Grazie al sistema Shineway SWM-02, il rilevamento di un gene tardivo consente all’operatore di valutare il risultato ottenuto a discrezione degli standard e dei range di positività e negatività utilizzati e, di conseguenza, elaborare una diagnosi e un piano di assistenza medica adeguati.
+ INFO: giorgia.difeo@simitecno.it
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